単独水系（たんどくすいけい）とは、日本の水系単位による河川管理体系のうち一級水系と二級水系以外の水系のことである。
水系 も参照 河川法を適用する一級河川・二級河川が本流（本川）でなくとも、行政上区分が必要とされる場合に便宜上区分されるものを単独水系という。法律で定義はされていない。この水系は準用河川や普通河川が本流（本川）となる。
