生物の分類

生物の分類（せいぶつのぶんるい）では、生物を統一的に階級分類する方法を説明する。分類学、学名、Category:分類学、ウィキスピーシーズも参照のこと。

概説

判明している生物の種は、300万から1,000万種である。それぞれの種には学名（属名+種小名または属名+種形容語）がつけられる。学名の前半は属名で、属とはごく類縁関係が近い種をまとめたものである。これらを分類してその分類グループに分類名をつけることが行われている。さらにこの分類を階層的に（小分類>中分類>大分類etc）体系付けすることで、いろいろな生物グループ同士の類縁関係、ひいては進化の系譜を明らかにしようとする。

分類学は、それぞれの時代において、その当時までに判明した情報に基づいてできるだけ納得の出来るような分類の体系を模索し続けてきた。リンネの時代には形態を中心に、顕微鏡が使われるようになればそこから得られる情報をも利用し、生化学が発達すれば色素なども利用し、常にできるだけ納得のいく体系が探し求められた。そのため、分類体系は時代と共に変化しつつ、次第に正しい姿に近づいているものと考えられる。20世紀末には遺伝子そのものを参照する分子遺伝学の手法が取り入れられ、多くの分類群において大きな見直しが迫られている。したがって、このような体系は今後も変更を余儀なくされることがままあるはずである。

しかしながら、それぞれの時点において、どれかの体系を採用しなければ文章は作れない。そのため、ユアペディアはそれぞれの群で特定の体系を採用している。したがって、その記述が他の書籍等と異なる場合があること、どちらが正しいかの議論が困難な場合があることを記しておく。

アリストテレスの分類

どのような分類体系が合理的かは、アリストテレス以来さまざまな工夫がされ、案が出されてきた。彼の『動物の発生』では動物分類は次のようになる。

人類
有血動物
1. 胎生
  1. 胎生四足類
  2. 鯨類
2. 卵胎生
  1. 軟骨魚類
3. 卵生
  1. 鳥類
  2. 卵生四足類
  3. 無足類
4. 不完全卵生
  1. 魚類
無血動物
1. 不完全卵生
  1. 軟体類
  2. 軟殻類
2. 蛆生あるいは自然発生
  1. 有節類
3. 無性生殖または自然発生
  1. 殻は類
  2. その他

アリストテレスの権威が絶対とされた中世は、この動物分類が支配的であった。

リンネの分類

近代的な分類法の刷新はリンネから始まった。

リンネは種の学名に二名法（属名と種小名の2語で表す）を採用し、分類を体系づけた。また、属・種の上位分類として、綱・目を設けて、階層的な分類体系とした。

現在の生物分類でもこのルールは変わっていないが、リンネの時代に比べると階層構造はより多段階となっている（後述）。

しかしリンネの分類自体が現在もそのまま生きているわけではない。例えば、リンネはクジラを魚類に分類していたがこれは誤りであった。また植物をおしべの本数を元に分類したことは有名だが、現在の植物分類ではこの分類手法は捨てられている。

また、リンネの時代には「進化」の概念がなかったため、リンネの分類はあくまでも形態の類似異同の差異による操作に限られる限界があった。

最上位分類の変遷

界

詳細は界 (分類学) を参照

生物（現在から見れば高等生物のみであるが）は古代から植物・動物・人間の3つに分けられ、近代にはそれぞれが界とされた。

微生物が発見されてくると、1860年、エルンスト・ヘッケルが原生生物界を作り四界とした。さらに後には六界説、九界説などが登場してきたが、現在から見れば過渡的な分類と言える。

一方、原核生物の研究が進むと、細胞核の有無など細胞の基本構造の違いに比べれば従来の界の違いは表層的なものであるとして、界より上の分類が現れた。

ドメイン

詳細はドメイン (分類学) を参照

界より上の階級は、上界、ドメインなどと呼ばれたが、現在ではドメインで統一されている。（上界はドメインと界の間の階級として使われることがある）

1937年、シャットンは、生物全体を原核生物・真核生物・人間の3つの上界に分類した。

1990年、ウーズは、原核生物を真正細菌と古細菌に分割し、また階級名をドメインとした。ウーズによれば、生物全体は、人間、真核生物、真正細菌、古細菌に分かれる。

系統的な分類へ

2000年代初頭までは、最新分類として、九界説をはじめとするキャバリエ＝スミスの説がよく使われていた（Cavalier-Smith, 2002など）。九界説等はどちらかといえば、それまでの界の枠組みを残しつつ、それまでに得られた系統情報を盛り込んだものである。

その一方で、しだいに遺伝子解析の手法も熟練度を増し、系統そのもので分類することが出来るレベルにまでなってくる。

2005年、国際原生生物学会から真核生物の新しい分類体系（Adl et al.）が提出された。この分類は、それまでの界の枠組みを廃し、真核生物を6つのスーパーグループに分類するものである。ウィキペディアの各記事でも、これらを界相当の分類として採用している場合が多い。

クロムアルベオラータについては、当時から単系統性が疑問視されていて、近年に見られる他の多くの分類では細分される傾向にある。（細分した場合には通常、ストラメノパイル、アルベオラータ、クリプト植物、ハプト植物の４グループに分けられる。2010年現在では、クリプト植物とハプト植物が姉妹関係にあるとして、有中心粒類を含めて、ハクロビアという分類群を形成するとする説が有力視されるようになってきている。また一方では、上述のスーパーグループのうちの4つをまとめたバイコンタが、その単系統性を有力視されるようにもなった。

そのような近年の分子系統学的な成果を取り入れつつ、階層分類を盛り込んだものもある。

一般的分類例

原核生物

真正細菌（ドメイン：バクテリア）

古細菌（ドメイン：アーキア）

真核生物

原生生物界

藻類
- 緑藻
- 褐藻
- 紅藻
- 珪藻類
- ユーグレナ植物門
- クリプト植物門
- 渦鞭毛植物門
原生動物
- 繊毛虫門
- 根足虫類
- 胞子虫門
- 鞭毛虫
その他

植物界

緑藻門
コケ植物門
車軸藻門
維管束植物亜界
- 古マツバラン門
- ヒゲノカズラ門
- トクサ植物門
- ハナヤスリ門
- シダ植物門
- 球果植物門（マツ門）
- ソテツ門
- イチョウ門
- マオウ門
- 被子植物門（モクレン門）
  - 双子葉植物綱（モクレン綱）
  - 単子葉植物綱（ユリ綱）

菌界

不完全菌（アオカビなど。現在は分類群としては認めない）
地衣植物門（菌類と藻類の共生体・学名は菌類のもの）

動物界

海綿動物門
平板動物門（センモウヒラムシ）
刺胞動物門（クラゲ、イソギンチャク、サンゴ）
有櫛動物門（クシクラゲ）
中生動物門（ニハイチュウ）
扁形動物門（ウズムシ、プラナリア）
紐形動物門（ヒモムシ）
顎口動物門
腹毛動物門
輪形動物門（ワムシ）
動吻動物門
鉤頭動物門
内肛動物門
線形動物門（回虫、C. elegans）
類線形動物門（ハリガネムシ）
外肛動物門
箒虫動物門
腕足動物門
軟体動物門（貝、イカ、タコ）
鰓曳動物門
星口動物門（ホシムシ）
ユムシ動物門
環形動物門（ミミズ、ゴカイ）
緩歩動物門（クマムシ）
五口動物門
有爪動物門（カギムシ）
節足動物門
- 鋏角亜門
  - ウミグモ上綱
  - カブトガニ上綱（カブトガニ）
  - クモ上綱（クモ、サソリ）
- 甲殻亜門（エビ、カニ）
- 多足亜門
  - ムカデ綱（唇脚綱、ムカデ）
  - コムカデ綱（結合綱、コムカデ）
  - エダヒゲムシ綱（少脚綱、エダヒゲムシ）
  - ヤスデ綱（倍脚綱、ヤスデ）
- 六脚亜門
  - 内顎綱
  - 外顎綱（昆虫綱）
棘皮動物門（ウニ、ヒトデ、クモヒトデ、ナマコ、ウミユリ）
毛顎動物門（ヤムシ）
半索動物門（ギボシムシ）
脊索動物門
- 尾索動物亜門（ホヤ）
- 頭索動物亜門（ナメクジウオ）
- 脊椎動物亜門
  - 無顎上綱
    - ヌタウナギ綱
    - 頭甲綱（ヤツメウナギ）
  - 顎口上綱
    - 軟骨魚綱（サメ、エイ、ギンザメ）
    - 肉鰭綱（シーラカンス、ハイギョ）
    - 条鰭綱
    - 両生綱
    - 爬虫綱
    - 哺乳綱
    - 鳥綱

人間

人間門
- 人間亜門
  - 人間上綱
    - 人間綱（ヒトのみで構成）

分子系統学的分類例

20世紀後半から勃興した、タンパク質のアミノ酸配列や核酸の塩基配列決定法の技術、そしてそのデータを用いて系統の類縁関係を推定する解析手法の進展に伴って、従来の生物系統分類法は大きな変革を迫られている。特に、これまで他のグループに所属させることができないために一括りに分類されていた、原生生物や藻類、一部の菌類につき系統が大幅に見直されつつある。学問上は三界説ないし六界説は既に瓦解したと言っても過言ではない。ここではキャヴァリエ＝スミス (Thomas Cavalier-Smith) らが中心となって提唱している分子系統学的分類の一例を示す（ただし現生生物のみ。真正細菌はグプタ、古細菌はレイクらの説も参考）。従来の界、門、綱との整合性は今後の課題である。この分野は現在さらに進展しつつあるため、今後も大小の変更があり得る。

真正細菌 (Bacteria) エステル型脂質を持つ原核生物、ムレイン細胞壁
- グラム陰性菌系統 (Negibacteria) 外膜を持つ真正細菌。グラム陽性菌系統に対して側系統の可能性あり
  - テラバクテリア (Terrabacteria) グラム陽性菌系統を内包する可能性あり
    - シアノバクテリア (Cyanobacteria) 酸素発生型光合成細菌
    - クロロフレクサス(Chloroflexi)
    - デイノコッカス-サーマス (Deinococcus-Thermus)
  - グラキリクテス (Gracilicutes)
    - プロテオバクテリア (Proteobacteria)
      - アルファプロテオバクテリア (Alphaproteobacteria)
      - ベータプロテオバクテリア (Betaproteobacteria)
      - ガンマプロテオバクテリア (Gammaproteobacteria)
      - デルタプロテオバクテリア (Deltaproteobacteria)
      - アクイフェックス (Aquificae) 及びイプシロンプロテオバクテリア (Epsilonproteobacteria)
    - スフィンゴバクテリア (Sphingobacteria)
      - 緑色硫黄細菌 (Chlorobi)
      - バクテロイデス (Bacteroidetes)
    - スピロヘータ (Spirochetes)
    - プランクトバクテリア (Planctobacteria)ペプチドグリカンを欠損する系統を多く含む
      - クラミジア (Chlamydiae)
      - ウェルコミクロビウム (Verrucomicrobia)
      - プランクトミケス (Planctomycetes)
      - レンティスファエラ (Lentisphaerae)
- グラム陽性菌系統 (Posibacteria) 外膜を持たない真正細菌。グラム陰性菌系統に対して側系統の可能性あり
  - フィルミクテス (Firmicutes) 低GC含量。芽胞形成
    - バシラス類 (Bacilli) 偏性または通性好気性
    - クロストリジウム類 (Clostridia) 偏性または通性嫌気性
  - テネリクテス (Tenericutes) 細胞壁を欠如
  - アクチノバクテリア (Actinobacteria) 高GC含量。菌糸及び胞子形成
広義のアーキア（ネオムラとも） DNA複製・転写・翻訳に共通性
- 古細菌 (Archaea) （他生物に対して対掌体の）エーテル型脂質を持つ原核生物。
  - ユリアーキオータ (Euryarchaeota)
    - 高度好塩菌 (Halobacteria)
    - クラスIメタン菌
      - メタノコックス (Methanococci)
      - メタノバクテリア (Methanobacteria)
      - メタノピュルス (Methanopyri)
    - メタノミクロビア (Methanomicrobia)
    - テルモコックス (Thermococci)
    - ナノアーキオータ (Nanoarchaeota)
    - テルモプラズマ (Thermoplasmata)
  - コルアーキオータ (Korarchaeota)
  - 広義のクレンアーキオータ (Crenarchaeota) 真核生物とクレンアーキオータを統合してカリオタ (Karyota) とする説有り（エオサイト説）
    - クレンアーキオータ (Crenarchaeota)
    - タウムアーキオータ (Thaumarchaeota)
    - アイグアーキオータ (Aigarchaeota)
- 真核生物 (Eukaryote) 核膜有り、線状染色体、細胞骨格・原形質流動有り、80Sリボソーム、有糸分裂有り
  - バイコンタ(Bikonta) 2本鞭毛を持つ真核生物（退化により持たないものも有り）
    - 植物（狭義、一次植物）(Plantae, Archaeplastida) 一次共生により葉緑体を獲得した真核生物の直系の子孫、板状ミトコンドリアクリステ、葉緑体包膜が2重
      - 緑色植物 (Viridiplantae) ：被子植物、裸子植物、シダ植物、コケ植物、シャジクモ藻類、緑藻類
      - 灰色植物 (Glaucophyta)
      - 紅色植物 (Rhodophyta) ：紅藻類
    - 盤状クリステ類 (Discicristatae) 盤状ミトコンドリアクリステ、エクスカヴェートに含める意見有り
      - ユーグレノゾア (Euglenozoa) ：ユーグレナ植物、キネトプラスト類
      - ヘテロロボサ (Heterolobosea) ：ネグレリア類、アクラシス類
      - ジャコバ類 (Jacobea) ミトコンドリアクリステは板状
    - エクスカヴェート (Excavates) 細胞腹側に深くえぐれた捕食装置を有する真核生物の一群
      - マラウイモナス (Malawimonas) 盤状クリステ類の可能性あり
      - トリコゾア類 (Trichozoa) ：ディプロモナス類、レトルタモナス類、パラバサリア類
      - アネロモナス類 (Anaeromonada) ：オキシモナス類
    - ストラメノパイル (Stramenopiles) 中空の鞭毛小毛を有する真核生物の一群、アルベオラータを含めてクロマルヴェオラータ (Chromalveolata) とする意見有り
      - 無殻太陽虫類 (Actinophryida)
      - オパリナ類 (Opalozoa)
      - ラビリンチュラ類 (Labyrinthista)
      - ビコソエカ（ビコエカ）類 (Bicosoecales、Bicoecales)
      - プラシディア類 (Placididea)
      - デヴェロパエラ (Developayella)
      - 卵菌類 (Oomycetes) ：ツユカビ類、ミズカビ類
      - サカゲツボカビ類 (Hyphochytriomycetes)
      - 不等毛植物類（黄色植物類）(Heterokontophyta,Chromophyta) ：褐藻類、珪藻類
    - アルベオラータ (Alveolata) 細胞膜直下に扁平な小胞を有する真核生物の一群
      - 繊毛虫類 (Ciliata) ：ラッパムシ類、ゾウリムシ、ツリガネムシ
      - アピコンプレクサ類 (Apicomplexa) ：マラリア原虫、トキソプラズマ、クリプトスポリジウム
      - 渦鞭毛藻類 (Dinophyta) 例：褐虫藻、ヤコウチュウ
    - リザリア (Rhizaria) 分子情報による類縁、アメーバ状生物が多いが全てに共通する形態的特性は無い
      - レタリア (Retaria) ：有孔虫類、放散虫類、一部の太陽虫類
      - ケルコゾア (Cercozoa) ：ケルコモナス類、クロララクニオン藻類、ネコブカビ類、ユーグリファ類
    - 所属不明
      - クリプト植物 (Cryptophyta) 独立の界とする研究例有り
      - ハプト植物 (Haptophyta) 植物に近縁とする研究例有り
      - アプソゾア類 (Apusozoa)
      - 有中心粒類 (Centrohelida) バイコンタとアメーボゾアの間に位置するという研究例有り
  - ユニコンタ (Unikonta) 1本鞭毛を持つ真核生物（真菌類は退化して鞭毛を持たない）
    - アメーボゾア (Amoebozoa) 分子情報による類縁、真核生物の最も原始的な系統、アメーバ状生物が多い（アメーボゾアとバイコンタを統合してアンテロコンタ (Anterokonta) とする説有り）
      - 葉状仮足類（ロボサ）(Lobosa) ：アメーバ類
      - コノサ (Conosa) ：変形菌、タマホコリカビ類、アカントアメーバ類、エントアメーバ類、ペロビオンタ類
    - オピストコンタ (Opisthokonta) 鞭毛を後方にして運動する真核生物
      - 菌類 (Fungi) ：子嚢菌類、担子菌類、微胞子虫類
      - メソミセトゾア(Mesomycetozoa) ：イクチオスポラ類
      - コアノゾア (Choanozoa) 例：襟鞭毛虫類
      - 後生動物 (Metazoa) 例：海綿動物、刺胞動物、脱皮動物（線形動物、節足動物）、冠輪動物（扁形動物、環形動物、軟体動物）、後口（新口）動物（棘皮動物、半索動物、脊索動物）
ヒト