新薬師寺本堂(しんやくしじほんどう)は、奈良県奈良市高畑町の新薬師寺の国宝である。
桁行七間、梁間五間、単層、入母屋造、本瓦葺様式上奈良時代のものと思われ、天平19年光明皇后による新薬師寺の創立に際し建立された食堂を改修したものと見られる。内部は土間に太い柱を立てた簡素な構造で、天井も張られず化粧屋根裏とし、中央に大きな円形壇を設けた形式である。